Se você quiser usar o eco com caracteres de escape como \n , adicione a -e switch echo -e " ... " . No entanto, pode ser mais fácil usar cat com um aqui documento
cat > stop.sh <<EOF
echo "STOPING GLASSFISH PLEASE WAIT..."
cd glassfish4/bin
chmod +x asadmin
./asadmin stop-domain
#In order to work it is required that the original folder of glassfish don't contain already any #project, otherwise, there will be a conflict
EOF
chmod +x stop.sh