shutdown -h now desligará o computador com a maioria dos sistemas, mas será deixado para a implementação. Use -P para desligar e -H para parar com certeza. Este é o método que eu recomendaria para desligar o sistema. Ele executará todos os scripts apropriados.
halt sem -f apenas chamará o encerramento acima e assim será reboot , eles são basicamente apenas aliases.