Obrigado @quanta, o problema foi de fato aparente.
Para corrigir o problema:
Edite o arquivo apparmor do mysql:
sudo emacs -nw /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld
Inclua a pasta onde seu arquivo init reside com a extensão * .sql:
...
/usr/sbin/mysqld {
/var/log/mysql.log rw,
/var/log/mysql.err rw,
;/var/lib/mysql/ r,
/var/lib/mysql/** rwk,
/var/log/mysql/ r,
/var/log/mysql/* rw,
/{,var/}run/mysqld/mysqld.pid w,
/{,var/}run/mysqld/mysqld.sock w,
/sys/devices/system/cpu/ r,
# I added to allow my init-file script to run
/etc/mysql/*.sql r,
}
E faça o AppArmor recarregar os perfis.
# sudo /etc/init.d/apparmor reload
Em seguida, recarregue o mysql:
sudo /etc/init.d/mysql restart
Agora o arquivo init é executado. Yay!