Encontrei uma dica excelente em resposta a um pergunta .
Procurando processos no estado 'D' mostra quatro processos PHP que parecem travar por um bom tempo, correspondendo aos "passos" da curva de carga:
#> ps aux | awk '$8 ~ /D/ { print $0 }'
wiki 6651 0.0 0.0 0 0 ? D Oct04 0:41 [php-cgi]
bugs 6731 0.0 0.0 0 0 ? D Oct27 0:14 [php-cgi]
manpages 7536 0.0 0.0 0 0 ? D Oct30 0:21 [php5-cgi]
wiki 23847 0.0 0.0 0 0 ? D Oct06 1:32 [php-cgi]
Então, esses parecem ser o problema. Agora preciso descobrir enquanto esses processos estão pendurados e como corrigi-lo. Obrigado a todos.