O Wubi usa um disco virtual ( c:\ubuntu\disks\root.disk
), portanto, ele não está realmente instalado no NTFS no sentido original.
O artigo da Wikipedia sobre o Wubi explica muito bem como funciona. Para responder à sua pergunta, deixe-me citar algumas linhas da seção Histórico :
Várias distribuições Linux, incluindo Red Hat Linux e O ZipSlack do Slackware, forneceu uma ferramenta semelhante em meados dos anos 90, usando syslinux e o driver do sistema de arquivos UMSDOS. Mais tarde, o SuSE forneceu algo semelhante usando syslinux e imagens de disco montadas em loop no FAT sistemas de arquivos. Durante o final dos anos 90, o BeOS usou um sistema similar instale o sistema operacional em uma pasta no Windows.
Então, o Wubi não era uma ideia original, era apenas uma implementação de um instalador que usa um dispositivo montado em loop.