Parece que estamos em um barco semelhante, em termos de tamanho e complexidade da infraestrutura.
Essencialmente, tenho uma SAN que lida com meus dados de produção, depois tenho um servidor de backup com um armazenamento conectado localmente de tamanho decente que é anexado a uma biblioteca de fitas (LTO-3 com 400GB descompactado / fita )
Essencialmente, eu faço backups em nível de dados. Como estou executando o Linux, faço rsyncs para obter os dados da máquina conectada à SAN para a máquina de backup, depois escrevo os dados para a fita. Tenho a sorte de ter armazenamento local suficiente no servidor de backup para que eu possa manter uma cópia localmente e, em seguida, apenas rsync as diferenças, mas se você não pode configurá-lo, muitas soluções de backup usam a idéia de um spool diretório para armazenar localmente os dados enquanto estão sendo gravados em fita.
Por causa da forma como a fita grava, é uma péssima ideia transmitir diretamente da rede para a fita diretamente, como um compartilhamento de arquivos do Windows ou um compartilhamento NFS. Isso mata completamente a velocidade de gravação da fita E mata a vida útil da sua unidade de fita. Portanto, use um disco local para colocar os dados no spool.
A solução de backup que eu uso é chamada Amanda, que é bastante esotérica em sua configuração, mas tem uma versão comercial disponível (por US $ 100 / servidor sendo feito backup) que tem uma configuração baseada na web e você também pode obter extensões diretamente em vários bancos de dados.
EDITAR
Como você mencionou não ter fitas, eu recomendaria uma biblioteca de fitas virtuais (VTL) do homem pobre, ou seja, unidades USB externas. Amanda, pelo menos, pode endereçar arquivos como se fossem uma VTL, e tenho certeza que outros pacotes de software também podem.
Realmente, porém, os discos rígidos têm uma duração definida. Se sua empresa está gastando dinheiro suficiente para comprar uma SAN, você deve trabalhar nelas para obter um trocador de fita. Na verdade, eles não são tão caros quanto costumavam ser, especialmente se você não comprar no limite.