O 57,6% significa que o mysqld está usando .576 de um cpu. A discrepância provavelmente será uma condição de corrida entre a coleta de dados para o sistema como um todo e a coleta de dados por processo.
EDITAR: Com base na sua atualização, parece que você tem 16 núcleos.
57.5% => .575/16 = .036 = 3.6%.
Então é de onde seus 3% estão vindo.
Se você somar todas as porcentagens de ociosidade e subtrair de 1600%, isso também será de aproximadamente 57,5%.