Depende da sua carga de trabalho.
O IIS + .NET em x64 é capaz de suportar cargas de trabalho muito grandes. Se você fizer o teste de carga, verá que os servidores x64 com CPU e RAM suficientes superam o x86 por uma medida saudável.
Se a sua carga de trabalho é pequena e / ou você está indo para balancear a carga de um número de servidores, você pode achar que o x86 está bem. (Acredito piamente em usar as menores instâncias possíveis para a carga de trabalho - muito do TI está jogando metal no problema, e isso é um desperdício. O x86 é bonito. Infelizmente, está ficando mais difícil obter instâncias do x86).
No nosso caso, carregamos o balanceamento de vários servidores x64. No entanto, durante as operações de implementação, toda ou a maior parte da carga pode ser direcionada para um único servidor. No nosso caso, se esse servidor fosse x86, seria estressado e muito lento. Como é x64, ele pode manipular a carga e os usuários não percebem.