sudo /etc/init.d/apache2 restart
Este método usa os scripts de inicialização da sua distribuição Linux para reiniciar o processo. Esses scripts são executados no momento da inicialização para iniciar o apache.
sudo apachectl restart
Esse método usa o programa de controle apachectl . Em quase todas as ocasiões, eu recomendaria o uso do apachectl para manipular o daemon do apache. Você tem um controle mais refinado sobre como o processo é reinicializado (consulte o comando gracioso versus reiniciar), opções de validação de configuração e uma maneira de obter informações de status.
A principal diferença entre usar os scripts init para reiniciar o apache e o apachectl é que o apachectl é projetado especificamente para permitir que os administradores controlem o apache, enquanto os scripts init são projetados de forma generalizada para Unixes iniciarem processos após o kernel e o init daeamon terem foi carregado.
EDIT: Infelizmente, não tenho idéia de como resolver seu problema com o Rails ou o Phusion Passenger. Tente procurar em seus registros do Apache em busca de dicas.