Você não pode usar um CNAME para o domínio de nível raiz, viola os RFCs e pode causar vários problemas. Infelizmente, a Amazon não tem uma solução alternativa para sites hospedados no S3.
edit: A Amazon agora suporta isso. link
Existem serviços como o WWWizer que você pode usar para redirecionar para a WWW, mas eles não são uma solução perfeita.