Versão resumida
Comecei a investigar o uso do FreeRADIUS com o NPS (Serviço de Acesso à Diretiva de Rede) do Windows porque temos um ambiente misto do Windows / Linux (e porque o YubiRADIUS não é mais suportado). O FreeRADUIS seria usado para ligar os YubiKey ao AD Auth juntos.
Nas minhas pesquisas, encontrei alguns recursos não gratuitos, como WiKID Systems e AuthLite, para fazer dois fatores com o Yubikeys (links abaixo). Há - parece ser uma maneira de chegar realmente perto usando serviços internos do Windows (usando o NPS (Network Policy and Access Services)) que eu estava usando como base para o meu trabalho no FreeRADIUS.
Aqui está um tutorial para fazer o NPS funcionar com o WiKD
Este URL descreve como fazê-lo funcionar com o AuthLite
Ambas as implementações parecem querer alguma forma de servidor RADIUS para transmitir a autenticação de segundo fator. Pelo menos é esse o meu entendimento.
Além disso, se você pesquisar por "Windows Server 2016 yubikey de dois fatores" ou algo semelhante, poderá encontrar mais.
Espero que isso ajude!