Qual versão do QEMU-KVM você está executando?
Nós vimos esse problema nas versões 0.12.3 e abaixo, mas isso não parece ser um problema muito grande no 0.12.4. Além disso, verifique se os protetores de tela estão sendo executados. Se você estiver usando a conexão VNC, ela poderá estar em execução e a utilização da CPU não estará dentro da VM - ela será usada pelo processo KVM.