Depois que eu olhei o código-fonte para o apt-mirror, descobri que o apt-mirror tem habilidades inerentes para limitar a taxa de largura de banda.
Basta colocar:
set limit_rate 50k
Em seu arquivo mirror.list e ele será transmitido para wget. No entanto, esse limite é por thread. Então, se você tiver 10 threads, isso será 50k * 10 = 500k. Este recurso não é documentado de todo.