Eles são realmente os mesmos (gnome-terminal), mas com esquemas de cores diferentes.
Se você tiver a área de trabalho do Unity, primeiro crie um novo usuário temporário e faça login nele no Unity. Execute um terminal e feche-o. Agora faça logoff e acesse o GNOME com seu usuário regular novamente. Abra um terminal e execute estes comandos:
sudo rm -rf $HOME/.gconf/apps/gnome-terminal
sudo cp -rf /home/tmp-username/.gconf/apps/gnome-terminal $HOME/.gconf/apps
substituindo tmp-username pelo nome do usuário temporário que você acabou de criar. Depois de executar o comando, você pode excluir este usuário. Execute o gnome-terminal novamente e agora você verá o estilo Unity.