Esse arquivo de cem gigs é um arquivo esparso - não há nada nele, o sistema de arquivos simplesmente sabe que é o tamanho pretendido.
Você pode ver o tamanho real no cliente vSphere:
..apesardotamanhoaparentequandovocêestáolhandoparaosarquivosraw..
O problema que você está tendo é que você está removendo esse arquivo do sistema de arquivos VMFS . Onde quer que esteja indo e, no entanto, está chegando lá, o arquivo esparso é escasso apenas enquanto estiver no VMFS; O ESXi é forçado a fornecer o arquivo aparente completo, com todos esses 0s extras.
O Storage vMotion e vmkfstools
manipularão os discos thin corretamente se você estiver se movendo entre hosts ESXi; exportar para OVF é outra boa opção para não se mover pelo disco cheio de espessura.
De modo geral, você deve evitar tentar trabalhar diretamente com os arquivos simples, utilizando as ferramentas adequadas para mover ou clonar o VMDK lógico (que pode ter arquivos simples, instantâneos, etc.).