Você pode tentar um dos CDs de resgate baseados em Linux que pode ser inicializado. Isso pode ajudar a contornar os erros de permissão, se, na verdade, os pop-ups que você vê são gerados por erros de permissão e não por corrupção do sistema de arquivos.
Veja as respostas da pergunta do SF Live CD de recuperação do sistema favorito? .