Esse é um tipo de opinião, mas eu colocaria os binários do SQL Server no disco lento. É muito comum colocar os binários no disco do sistema operacional (embora algumas pessoas odeiem isso) ou em um disco mais lento.
Você definitivamente quer lembrar de colocar os bancos de dados do sistema, especialmente o tempdb, no disco mais rápido. Na verdade, também é comum colocar o tempdb sozinho.
Isso está de acordo com um couple de articles Descobri que isso pode ser útil para você.
Também há backups de log de transação, e estou dividido nisso porque você quer os LDFs no disco mais rápido e também deseja fazer backups em um disco diferente do local em que os bancos de dados residem, mas seria melhor se eles estavam em um disco mais rápido. Você precisará fazer uma avaliação, mas eu provavelmente voltaria ao disco mais lento e reclamaria disso. ;)