Como seus projetos não estão na mesma raiz, você deve usar vários locais para isso.
location /wiki {
root /var/www/wiki/public;
}
location ~ /wiki/.+\.php$ {
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /var/www/wiki/public$fastcgi_script_name;
}
location /blog {
root /var/www/blog/public;
}
location ~ /blog/.+\.php$ {
fastcgi_pass 127.0.0.1:9000;
fastcgi_param SCRIPT_FILENAME /var/www/blog/public$fastcgi_script_name;
}
Além disso, coloque fastcgi_index no seu arquivo fastcgi_params e inclua-o no nível do servidor, dessa forma você mantém seus locais de php o menor possível.