Não desative apenas o serviço. Vá para o gerenciador do servidor e remova a função Servidor da Web da máquina. Isso fará com que algo não acidentalmente (ou maliciosamente) inicie o serviço novamente por algum motivo. Ele impedirá que o Windows Update deseje instalar patches para o IIS (a menos que você o instale novamente) e é apenas mais limpo.