O problema é que no seu fastcgi.conf você define SCRIPT_FILENAME as $document_root$fastcgi_script_name; mas depois usa o alias direcive para definir o caminho.
Você deve atualizar seu SCRIPT_FILENAME para usar $request_filename
Você também pode voltar para o local aninhado, se preferir. Se você ainda receber esse erro depois, eu documentei todas as possibilidades aqui: link
Por favor, verifique isso, pois pode haver várias outras causas.