O problema é que no seu fastcgi.conf você define SCRIPT_FILENAME
as $document_root$fastcgi_script_name;
mas depois usa o alias
direcive para definir o caminho.
Você deve atualizar seu SCRIPT_FILENAME
para usar $request_filename
Você também pode voltar para o local aninhado, se preferir. Se você ainda receber esse erro depois, eu documentei todas as possibilidades aqui: link
Por favor, verifique isso, pois pode haver várias outras causas.