Como você descobriu, esse comportamento mudou entre o RHEL 5 e o 6 (consulte link para alguns discussão). A partir desse link, a verificação do código de retorno de yum info <pkg>
deve permitir que você aborte seu script conforme necessário. Algo como:
# Set a variable containing the packages to install:
pkgs_to_install='another_package.x86_64 some_package.x86_64'
# Loop over the packages in the list:
for pkg in ${pkgs_to_install}; do
# Stop executing if at least one package isn't available:
yum info ${pkg} >> /dev/null 2>&1 || exit
done
# Continue running your original script:
yum -y install ${pkgs_to_install} && run_my_script