A prática padrão que tenho usado para o servidor de arquivos do Windows desde o Windows 2000 (mostrada na série Mastering Windows Server da Mark Minasi, procure outras informações) é usar grupos que são locais para o próprio servidor de arquivos para aninhamento .
Por exemplo, considere um servidor de arquivos chamado KERMIT em um domínio chamado MUPPETS.
Digamos que o KERMIT tenha alguns compartilhamentos de arquivos:
\KERMIT\Applications
\KERMIT\Finance
\KERMIT\Sales
\KERMIT\Manufacturing
Crie grupos locais para o KERMIT para acesso e conceda-lhes permissões no sistema de arquivos exatamente como você especificou (por exemplo, um grupo por nível de acesso por compartilhamento)
KERMIT\Applications-RO
KERMIT\Applications-RW
KERMIT\Applications-FC
KERMIT\Finance-RO
[...]
Como esses grupos são locais, você pode colocar quaisquer outros grupos ou usuários que desejar neles - grupos locais de domínio, grupos globais, grupos universais, contas de usuário de qualquer domínio em sua floresta. O gerenciamento de direitos agora é local para os grupos do servidor de arquivos, e não para o sistema de arquivos ou o AD.
Isso adiciona uma camada adicional ao gerenciamento de grupos, mas tem o benefício de permitir (digamos) que os administradores locais gerenciem seus próprios servidores de arquivos sem precisar de nada além de direitos de administrador para esse servidor de arquivos. Se você tem um tipo federado de estrutura de filial, onde cada tipo de escritório faz sua própria coisa com seus servidores, isso pode ser um benefício real. Talvez você não queira conceder direitos de administrador do AD a algumas dúzias de administradores de sites locais.
Ele também evita que seu AD fique cheio de muitos grupos (um grupo por nível de acesso por compartilhamento por servidor pode aumentar muito rapidamente) e minimiza a replicação de grupo entre os GCs. Ele permite que você reserve seus grupos de anúncios para funções em vez de permissões.
Se o seu ambiente for rigorosamente padronizado e todos os servidores de arquivos forem idênticos e replicados, isso obviamente será mais uma camada de grupos desnecessários. Além disso, se você sabe que precisa de um determinado grupo do AD para ter os mesmos direitos em um compartilhamento que existe em cada servidor de arquivos, precisará de alguma automação para manter isso.
Em poucas palavras, quanto mais diferentes forem os seus servidores de arquivos, mais os grupos locais de máquinas farão sentido. Quanto mais eles forem semelhantes, mais você deseja usar o sistema que está usando no momento.