Você ainda pode usar o comando docker exec -it <your container name> /bin/bash
para acessar seu contêiner e fazer seu trabalho regular.
Ou talvez você possa alterar /bin/bash
em seu comando ou script .sh
do seu comando para executá-lo.
Para tirar seu arquivo do container use docker cp <container name:/path/to/file> </your local machine/path/>
E para o seu trabalho diário, você pode usar cron
para executar o cron com esses comandos. Eu altamente recomendo que você tenha alias seus comandos de docker freqüentes. Para que eu possa usar a janela de encaixe felizmente com algumas chaves.
O comando docker logs <container name/id>
é para exibir o log da execução da imagem do docker. Ele mostra a saída de redirecionamento para stdout.