Sim, isso acontece.
O controlador IPMI e o controlador de vídeo estão vinculados, o que é o que permite que o controlador IPMI obtenha realmente o conteúdo da tela. Quando você está usando um adaptador de monitor externo, toda a "renderização" ocorre no cartão, portanto, o adaptador IPMI não tem idéia de que está sendo exibido.