Eu migrei vários servidores do MySQL para o MariaDB há algumas semanas sem nenhum problema.
Se você quiser a lista completa do que pode não ser compatível, dê uma olhada aqui: link .
Se você estiver atualizando para uma versão superior do MariaDB do que o MySQL, você deve apenas fazer o binário mysql_upgrade como indicado em link .
Além disso, com o MariaDB 5.3 (lançado no final de julho), eles agora fornecem um repositório apropriado, então não há necessidade de instalar manualmente: link