Aqui estão duas coisas para tentar:
1) Execute apachectl -t para verificar se a sintaxe do seu arquivo é válida.
2) Execute apachectl -S para mostrar quais arquivos estão sendo analisados.
Por exemplo, você pode estar editando /usr/local/etc/apache2/2.4/httpd.conf e é isso mesmo? ... mas se você executar o apachectl -S, poderá ver:
VirtualHost configuration:
*:80 localhost (/private/etc/apache2/extra/httpd-vhosts.conf:23)
ie. O host virtual está sobrescrevendo seu httpd.conf e pode conter seu próprio Require all denied ou similar.