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Não, você não precisa compartilhar a raiz. Seus visitantes que já confiaram nele (provavelmente da empresa que forneceu o SO) já o terão.
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Sim, o uso do seu comando deve estar correto, supondo que sejam todos codificados pelo PEM.
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De acordo com a aqui da Universidade de Wisconsin, a ordem importa, mas somente se você fornecer a raiz.