Tanto o Wubi como o "dual boot" permitem-lhe escolher o Windows ou o Ubuntu quando inicia o computador. No entanto, o Wubi usa uma partição virtual em um arquivo grande dentro da partição do Windows para armazenar a instalação do Ubuntu e todos os dados do usuário.
No Windows
Inicialize no Windows e procure o arquivo c:\ubuntu\disks\root.disk
(ou pode estar em D :). Se você encontrá-lo, você instalou usando o Wubi.
Alternadamente no Ubuntu
Abra um terminal pressionando Ctrl + Alt + T e digite:
sudo losetup /dev/loop0
e se isso diz /host/ubuntu/disks/root.disk
você sabe que é Wubi. (Obrigado @bcbc)
Existe um script para mover a instalação do Wubi para sua própria partição e assim torná-la uma verdadeira inicialização dupla. No entanto, isso é um pouco complicado e talvez seja melhor fazer uma nova instalação a partir de um CD ou USB depois de desinstalar a instalação do Wubi de dentro do Windows.
Em qualquer um dos casos, faça backup de todos os dados primeiro.