Os tipos mime provavelmente estão errados.
Verifique se estão veiculando o conteúdo com Content-type: text/javascript
ou Content-type: text/css
. Você pode verificar isso usando a guia Rede do Inspetor ou Firebug do Chrome.
Você precisará do mod_mime e garantir que você tenha essas linhas na sua httpd.conf
:
AddType text/css .css
AddType text/javascript .js
Isso deve ser feito.