Respondendo a minha pergunta aqui, mas achei que essa informação poderia ser de interesse geral:
Enquanto observava essa questão, deparei-me com ufw (Uncomplicated FireWall) do pessoal do Ubuntu. Com o IPV6 habilitado na configuração do ufw, o ufw irá gerenciar as regras do iptables e ip6tables em paralelo. Isso significa que você pode fazer algo assim:
# ufw allow ssh/tcp
E termine com:
# ufw status
Status: active
To Action From
-- ------ ----
22/tcp ALLOW Anywhere
22/tcp ALLOW Anywhere (v6)
O que resulta em regras iptables / ip6tables que se parecem com isso:
# iptables-save | grep 'dport 22'
-A ufw-user-input -p tcp -m tcp --dport 22 -j ACCEPT
# ip6tables-save | grep 'dport 22'
-A ufw6-user-input -p tcp -m tcp --dport 22 -j ACCEPT
O Ufw também suporta perfis de aplicativos, que permitem criar grupos nomeados de portas. Você pode fazer isso:
# ufw allow 'WWW Full'
E acabamos abrindo as duas portas, 80 e 443 (para IPv4 e IPv6).
Eu só comecei a olhar para ele, mas parece que está bem colocado.