IME você está no estádio onde a segregação do tráfego entre as redes melhora o desempenho. No entanto, a divisão das VLANs parece ter sido decidida com base na função dos nós membros, em vez de qualquer esforço para gerenciar a largura de banda. Certamente, com esse número de nós, você pode obter a mesma largura de banda agregada planejando de maneira inteligente onde você coloca os switches em vez de usar as vlans.
Sem ver um diagrama detalhado e obter algumas medições reais, é difícil dizer com certeza, mas suspeito que a configuração descrita não ofereça benefícios de desempenho e muita dor de cabeça de administrador.
you can enforce Access Control Lists on the router
Não é uma boa razão para usar vlans - use sub-redes, firewalls e switches.