Só para esclarecer, www.example.com não é a raiz do domínio, example.com é.
Um CNAME on www.example.com é válido, mas CNAME on example.com não é - o cpanel está certo em rejeitar a tentativa. Um registro CNAME só pode existir em um nome quando não existe outro tipo de registro para esse nome, pois indica que todas as pesquisas (de qualquer tipo, não apenas A ) desse nome devem procurar um nome diferente. Você deve sempre ter no mínimo um registro SOA e um registro NS em seu nome raiz ( example.com ), portanto, um CNAME entra em conflito com a existência desses registros.