É mencionado apenas no arquivo padrão .siegerc (e não no manual on-line ou na página do manual), mas:
# Login URL. This is the first URL to be hit by every siege
# client. This feature was designed to allow you to login to
# a server and establish a session. It will only be hit once
# so if you need to hit this URL more then once, make sure it
# also appears in your urls.txt file.
#
# ex: login-url = http://eos.haha.com/login.jsp POST name=jeff&pass=foo
#
# login-url =
Então você não está exatamente pré-configurando o cookie de login. Em vez disso, você está instruindo cada funcionário de cerco a fazer login em seu site uma vez antes de qualquer outra solicitação, e eles manterão seu status autenticado até o fim do cerco.
Como alternativa, você pode definir o user-agent como uma string especial e depois observar esse agente de usuário especial no código de autenticação e registrá-lo automaticamente.