A única maneira de resolver isso é carregar outro "Tema" no Windows. Para fazer isso, criei um script de login que carrega o tema padrão do Windows, o script contém o seguinte:
@echo off
C:\Windows\resources\Themes\aero.theme
Carregar um tema dessa forma realmente redefiniu as configurações de contraste de cores altas no login, mas ele abriu uma janela do painel de controle em cada login, então alterei para:
@echo off
C:\Windows\resources\Themes\aero.theme
taskkill /F /IM systemsettings.exe
A nova linha matou a janela do painel de controle depois de aplicar o novo tema.