Encontramos problemas com isso em que tivemos um compartilhamento de arquivos 2003 montado em um sistema de arquivos Unix. A "desconexão" aconteceria e os trabalhos que a usassem acabariam tendo que ser executados duas vezes - a primeira vez que acordar a ação, a segunda vez para realmente fazer o trabalho de verdade.
Isso não foi satisfatório como - é claro - às vezes a primeira execução funcionou, então no final um de nossos desenvolvedores acabou escrevendo um trabalho para pesquisar regularmente o compartilhamento e mantê-lo aquecido. Observe que, nesse caso, a alteração dos horários de atividade no servidor não era uma opção, pois o compartilhamento era montado no sistema de arquivos e os trabalhos poderiam ter intervalos de até uma semana entre eles.
Por que eles não se conectaram apenas no início de cada trabalho e desconectaram quando terminaram ou acordaram o compartilhamento por meio de outro método antes de executar o trabalho real, não sei dizer.
De qualquer forma, não tenho certeza dos detalhes da implementação, mas espero que uma tarefa agendada que apenas recupere uma listagem de diretórios tenha o mesmo resultado final para um cliente Windows se você fosse percorrer essa rota. É uma maneira de fazer isso, mas tenho certeza de que é melhor.
A moral da história é que a interoperabilidade do Unix / Windows certamente não é tão perfeita quanto algumas pessoas gostariam que você acreditasse. Mas isso é desviar da questão.