Diga a rsync
para excluir os arquivos que não estão na origem, com --delete-during
ou --delete-after
. Tenha cuidado e use essa opção somente se você não tiver arquivos legítimos no destino que não estão lá na origem.
Veja man rsync
.
Claro, você pode excluir manualmente os arquivos detectados com diff
...