O Xen geralmente funciona muito melhor que o VirtualBox, porque o VirtualBox executa o sistema operacional convidado de uma forma que o sistema operacional convidado não sabe que está sendo executado em um ambiente virtual. Ou, em outras palavras, o sistema operacional convidado não é modificado para ser executado virtualmente. Devido a isso, o VirtualBox tem que 'capturar' instruções de tipo de kernel, executar algum código customizado e, em seguida, retornar o controle para o convidado. Ele pode usar o suporte de virtualização de hardware fornecido pela Intel e pela AMD, mas mesmo assim a sobrecarga é acrescentada.
O Xen, entretanto, garante que o sistema operacional convidado seja recompilado para se adequar ao modelo Xen. Assim, o controle flui suavemente do sistema operacional convidado para o hipervisor, sem a sobrecarga de ter que fingir que o sistema operacional convidado tem acesso direto ao hardware.
Para obter uma visão geral de algumas tecnologias de virtualização, incluindo dados de testes de desempenho, leia este relatório . Ele só fala sobre o Linux, mas ele cobre Linux-Vserver, Xen, OpenVZ, KVM, VirtualBox e QEMU. O Linux-Vserver e o Xen eram geralmente os de melhor desempenho, mas leram o relatório para ver as diferentes cargas de trabalho.
Dito tudo isso, pode haver algumas áreas onde o VirtualBox supera o Xen. Se o seu sistema operacional convidado tiver uma camada de janelas gráfica, o VirtualBox terá um bom suporte para isso, especialmente se você instalar alguns componentes especiais do VirtualBox no sistema operacional convidado.
E, finalmente, você deve estar ciente de que o Xen só executará um sistema operacional convidado modificado. Não é possível executar um sistema operacional convidado não modificado.