Isso aconteceu comigo ontem. Foi um erro passar de nginx para php5-fpm acabou que o serviço php-fpm foi configurado para escutar no socket errado.
no /etc/php5/php-fpm.conf eu mudei para:
listen = /var/run/php5-fpm.sock
e em todo / etc / nginx / certifique-se de que fastcgi_pass unix: /var/run/php5-fpm.sock
HTH