Para transferir arquivos através do ssh você pode
- use scp
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scp -r /srcdir/ user@remotehost:/destdir/
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- use rsync em ssh (veja o parâmetro -e)
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rsync -e ssh -a /srcdir/ user@remotehost:/destdir/
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- use alguma ferramenta que transfira dados via stdin / out ( tar , cpio , etc)
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cd /sourcedir; tar -c . | ssh username@remotehost bash 'cd /dstdir; tar -x
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- Monte o sistema de arquivos por meio de sshfs (se o fusível for suportado em seu sistema)