Não há 100% de informação suficiente para continuar, mas na configuração SSL padrão usual (Red Hat / CentOS / Fedora, por exemplo) o VirtualHost para SSL é configurado em seu próprio contêiner. O uso de mod_rewrite requer, no mínimo, que "AllowOverride FileInfo" seja definido na raiz do documento para que ele aja.
Verifique sua configuração para SSL (/etc/httpd/conf.d/ssl.conf por padrão), verifique se ela se parece com:
DocumentRoot /var/www/html
<Directory /var/www/html>
AllowOverride FileInfo
</Directory>
O padrão para AllowOverride é 'None', portanto, qualquer outra configuração (como 'All') que adicione recursos FileInfo é OK.