Tenho muita dúvida de que as filas de prioridade podem ser aplicadas às interfaces de túnel de maneira semelhante. As funções de QoS são aplicáveis aos objetos em que a concorrência real por largura de banda ocorre - interfaces físicas.
Se o seu túnel é usado apenas para SIP ou outro tráfego de alta prioridade, você pode combiná-lo inteiro e adicionar ao seu mapa de classe da seguinte forma:
ip access-list extended sip-tunnel
permit ipinip any host 172.16.100.100
!
class-map match-any class-voice
description Voice
match dscp af11
match dscp cs4
match dscp cs3
match access-group name sip-tunnel
!
UPD: Em alguns casos, o campo DSCP do pacote original é copiado para o cabeçalho do túnel. Você pode verificar esta opção para o seu caso particular (Cisco + IOS + ipinip). Com sucesso, você não precisa da última correspondência e a configuração inicial deve funcionar bem.