Você está registrando consultas lentas no mysql? O log de erro do mysql mostra alguma coisa?
Em circunstâncias como esta, eu começaria a olhar para o Cacti. Os mysql-cacti-templates da Percona são inestimáveis para isso. Você poderá ver se está enfrentando um problema de ES ou um problema de bloqueio de tabela. Pode haver algumas causas.
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