Eu uso dois scripts para fazer backup do meu VPS (hospedado no Linode, mas o mesmo deve funcionar no Rackspace).
Primeiro, para o backup do mysql, eu uso o script automysqlbackup . Ele cuida de despejar seus bancos de dados, compactá-los e manter várias cópias diárias / semanais / mensais dos arquivos de backup. Ele também pode enviar por e-mail os arquivos dumps .sql compactados também.
Para o backup geral do sistema de arquivos, eu uso a duplicidade - isso pode usar vários back-ends de armazenamento (ftp, scp, nfs, etc.) ), mas eu escolho usar o backend do Amazon S3. A duplicidade fará backups completos ou incrementais, dependendo da sua necessidade. Ele também irá lidar com a compressão de seus arquivos de backup, bem como a criptografia, se assim o desejar.