Não há perigo (ao usar hardware de classe de servidor).
Eu executei centenas de sistemas HFT onde nós designamos um núcleo de CPU para rodar um thread de spinlock (para reduzir interrupções) ou ter estratégias atreladas a núcleos de CPU específicos para a duração do dia de negociação. É para isso que as CPUs foram projetadas. Posso dizer que nunca tive um processador que falhe neste contexto.
Na sua situação, você está usando um servidor adequado? Outros fatores a serem considerados são o resfriamento, ventiladores redundantes, fontes de alimentação, etc. Mas esses são itens padrão para qualquer sistema de produção.