Em geral, você precisa usar o crontab para definir a tarefa e o cronograma de execução.
por exemplo,
crontab -e -u root
Isto irá colocá-lo no VI editando a entrada crontab do root. Então, como ewwhite diz, digite:
0 23 */2 * * insert_your_script_here.sh
e depois [^ ESC] ZZ para salvar as alterações.
Esta é uma boa primeira tentativa, mas isso não acontece em todos os dias alternados, pois será executado no dia 30 do mês e, em seguida, na próxima, no segundo dia do mês. Se você realmente precisa que seja a cada 2 dias, execute o script TODAS as noites.
0 23 * * * insert_your_script_here.sh
e no início do script use
#/bin/sh
if -f /tmp/altday.txt
rm /tmp/altday.txt
exit
fi
touch /tmp/altday.txt
Isso usa um arquivo de texto para forçar o script a sair de todas as invocações alternativas.