A maioria das configurações que você colocaria no seu arquivo php.ini também pode ser colocada em um .htaccess ou na configuração do apache para esse site. Por exemplo, um dos meus hosts virtuais tem isso no .htaccess
php_value display_errors 1
php_value register_globals 0
php_value short_open_tag 0
php_value magic_quotes_runtime 0
php_value magic_quotes_gpc 0
php_value session.name "PHPSESSID_SITEBLAH"
php_value session.gc_maxlifetime 57600
php_value session.gc_probability 1
php_value session.gc_divisor 500