Você não deve ter que iniciar o MSI com privilégios elevados se já estiver conectado a uma conta de administrador. O serviço Windows Installer elevará automaticamente (e solicitará a você com o UAC, se o seu sistema operacional estiver configurado para isso).
Se você não estiver conectado como Administrador, faça o seguinte:
runas /user:<administrator username here> "msiexec /i <Path and Filename of MSI"
Isso iniciará uma instalação.
Você também pode simplesmente abrir um prompt de comando elevado, ir até o diretório onde o MSI está instalado e digitar o nome do MSI no prompt de comando (com a extensão .MSI). Isso também iniciará uma instalação.