Você se lembrou de reiniciar o cron depois de alterar seu fuso horário? Caso contrário, o cron ainda pode ter sua antiga noção do fuso horário de quando foi originalmente iniciada.
Embora não seja estritamente necessário, geralmente sugiro reiniciar uma máquina depois de mudar o fuso horário - O fuso horário de um servidor nunca deve mudar (ou pelo menos deve ser MUITO infrequente), e isso garante que todo programa no servidor foi reiniciado e sabe sobre a mudança: -)