shutdown -h now chamará /etc/rc.d/rc ou /etc/init.d/rc . O script rc chamará os scripts kill do novo runlevel (0 para -h , 6 para -r ), seguido por qualquer script de início.
Você verá S30killprocs ou S00killall ou algo assim dependendo da sua distro. Isso ocorre depois que todos os scripts de kill foram chamados para tentar parar cada serviço normalmente. Ele tentará kill -15 primeiro, seguido por kill -9 .
Resposta curta: shutdown -h now ou shutdown -r now são graciosos. halt e reboot costumavam ser não-graciosos, mas só chamam shutdown para você, a menos que você use a opção -f .