Eu acho que / var / cache seria algo que você poderia excluir e, portanto, usaria outra coisa.
O que é isso, não é um padrão nem um requisito para ser assim. O BIND não se importa, contanto que você seja coerente com isso, você não ficará cego editando arquivos de configuração.
Eu não consideraria os arquivos de zona como dados de configuração exatamente. named.conf e keys.conf são config para mim, dados de zona são, bem, dados de zona. Basta escolher um lugar - talvez até mesmo um diretório de usuários dedicado para o propósito - e executá-lo.
Na minha configuração específica, eu uso / local / named, que pode ser um symlink em outro lugar na máquina. Eu coloquei o named.conf em / local / named /, e configurei a opção de diretório para / local / named também. Em seguida, forneço nomes de arquivos como pri / example.com ou sec / example.com para manter as zonas em que sou autoritativo, distintas daquelas que utilizo de outras fontes. Isso me permite remover todos os secundários e buscar novamente sem preocupação, se necessário.